El objetivo principal de la rehabilitación neuropsicológica es que el paciente con daño cerebral consiga alcanzar el máximo grado de autonomía posible. Para alcanzar dicho objetivo, el neuropsicólogo se vale de tres estrategias diferenciadas: la restauración (o entrenamiento de las funciones alteradas); la compensación (o entrenamiento de las habilidades alternativas) y, por último, el empleo de ayudas externas. La utilización de una estrategia u otra dependerá de diversos factores tales como el proceso afectado, el tiempo transcurrido desde la lesión, la severidad de la misma o el tiempo que dispongamos para rehabilitar al paciente. – El entrenamiento de las funciones alteradas (atención, memoria, funciones ejecutivas, etc) o restauración, parte de la base de que los procesos deteriorados pueden ser restaurados, al menos parcialmente, mediante la estimulación y la práctica continua.

El entrenamiento de habilidades alternativas o compensación pone el énfasis en la recuperación no tanto de los procesos alterados sino de la función, el resultado final, que se ve mermada por dichas alteraciones. Para ello, se entrenan estrategias alternativas y se intenta minimizar la implicación de los procesos deficitarios. Como ejemplo de compensación, se podría entrenar a un paciente con problemas visoespaciales y de orientación topográfica a usar claves verbales para evitar perderse en un determinado trayecto frecuentado habitualmente por él.
El empleo de ayudas externas tales como agendas, grabadoras, sistemas de voz asistida por ordenador, etc, es fundamental para la compensación de los déficits y, en algunas ocasiones, representa la única alternativa posible para mejorar la calidad de vida y autonomía del paciente. Es parte del trabajo del neuropsicólogo entrenar al paciente en el uso de estos instrumentos y lograr asimismo que sea capaz de utilizarlos en su vida diaria de forma espontánea y rutinaria.